دوره آموزش دکترای حرفه‌ای پزشکی شامل مراحل زیر است:
علوم پایه: طول این دوره 2 سال است که در پایان این دوره دانشجو در آزمونی شامل کلیه دروس این دوره شرکت می‌کند و در صورت موفقیت به دوره بعدی راه می‌یابد. هر دانشجو حداکثر دوبار می‌تواند در این آزمون شرکت کند.
فیزیوپاتولوژی : طول این دوره 6 ماه است و طی آن دانشجو ضمن آگاهی از مبانی فیزیولوژیک ، با مکانیزم بیماریها و عوامل موثر در آنها به طریق تحلیل گرانه آشنا می‌شود و نشانه‌های بیماریها و تشخیص و درمان آنها را یاد می‌گیرد.
کارآموزی بالینی : طول این دوره 20 ماه است و هدف شناخت آثار و علائم بیماریها از دیدگاه بالینی و آزمایشگاهی به دست آوردن تواناییهای لازم در به کاربردن اندیشه ، استدلال و نتیجه‌گیری سریع، به منظور برخورد منطقی و صحیح با بیمار و طراحی عملیات پیشگیری درمانی است.
کارورزی بالینی: طول دوره 18 ماه است و هدف پرورش مهارتها، تقویت قدرت تصمیم‌گیری ، افزایش اتکاء به نفس و تکمیل پرورش اندیشه از طریق رویارویی مستقیم کارورز با مسائل بهداشتی ، درمانی و تقبل مسوولیت مستقیم امور بهداشتی، درمانی به عهده همه است.
کارورزی: دانشجویان قبل از شروع مرحله کارورزی ، در کنکور کارورزی که شامل کلیاتی از دروس پایه و اصلی و عمومی فیزیولوژی علوم بالینی است و به طور سراسری برگزار می‌شود شرکت می‌کنند چون گذراندن موفقیت‌آمیز این آزمون برای راه‌یابی به دوره کارورزی ضروری است. فارغ‌التحصیلان ملزم به خدمت در مناطق محروم کشور هستند.
تواناییهای فارغ‌التحصیلان
فارغ‌التحصیلان این رشته می‌توانند بعد از پایان تحصیلات، مسوولیتهای متفاوتی را عهده‌دار شوند، از آن جمله می‌توان به موارد زیر اشاره نمود:
تشخیص – درمان و پیگیری بیماران در مطبهای شخصی، درمانگاهها و بیمارستانها.
مدیریت و سرپرستی مراکز ارائه خدمات بهداشتی و درمانی.
مشارکت در امر تحصیلی و پژوهشی در ارتباط با بیماریهای مختلف.
دوره پزشکی شامل 4 مرحله می‌باشد : علوم پایه ، فیزیوپاتولوژی (نشانه‌شناسی) ، کارآموزی و کارورزی
مرحله علوم پایه درواقع عامل ارتباطی‌ای بین درسهای دبیرستان و پایه با درسهای تخصصی پزشکی است، بدین ترتیب که شامل آن قسمت از درسهای پایه است که به بدن انسان مربوط می‌شود؛ برای مثال، بیوشیمی قسمتی از علم شیمی است که در مورد شیمی بدن موجود زنده (در این‌جا انسان) صحبت می‌کند و همین‌طور سایر درسهای این مرحله که در بخش درسها شرح داده می‌شوند.
