در این آموزش شما با نحوه تولید دیتا فایل مربوط به لمپس LAMMPS را با استفاده از دستورهای TopoTools در VMD و همچنین دستورات گرومکس، آشنا خواهید شد. این آموزش توسط جناب آقای علیرضا سلیمانی از دانشگاه صنعتی امیرکبیر به زبان انگلیسی تهیه شده است. از لطف ایشان متشکرم. این آموزش در لینوکس Ubuntu تهیه شده است. تاریخ انتشار: 7 اردیبهشت 96
در این آموزش یک مثال از شبیه سازی آب و یک مثال از شبیه سازی گرافن را در نظر می گیریم و نحوه محاسبه RDF یا همان g(r) (تابع توزیع شعاعی) را توضیح خواهیم داد. سپس نحوه میانگین گیری را نیز توضیح خواهیم داد. تاریخ انتشار: ۲۸ فروردین 96
(آموزش lammps) در این آموزش مولکول DNA را به روش دینامیک مولکولی در داخل آب و یون شبیه سازی کردیم. در مورد مولکول دی ان آ توضیحاتی داده ایم. نحوه تولید دیتا فایل و فایل ورودی گام به گام توضیح داده شده است. در آخر سر از برنامه اجرا گرفته و با استفاده از VMD آن را نمایش داده ایم. میدان نیرو چارم (Force Field CHARMM) در این شبیه سازی استفاده شده است. مدل آب نیز TIP3P می باشد. طول فیلم ۵۰ دقیقه با کیفیت HD می باشد.این آموزش توی لینوکس ابونتو تهیه شده و قابل انجام است. تاریخ انتشار ۱۶ فروردین ۱۳۹۵
در این آموزش نحوه دانلود و نصب نرم افزار VMD روی سیستم عامل لینوکس ubuntu به زبان ساده توضیح داده می شود. آموزش به زبان فارسی است.
فایل ویدیویی 14 مگابایت حجم دارد و مدت زمان آموزش نیز در حدود 4 دقیقه می باشد. همچنین فرمت ویدیو mp4 است.
تاریخ انتشار: ۵ فروردین 1395